Pubchem MCP Server

Co dělá “Pubchem” MCP Server?

Pubchem MCP (Model Context Protocol) Server funguje jako most mezi AI asistenty a API PubChem, což umožňuje snadné získávání základních chemických informací o lécích. Integrací tohoto serveru mohou AI systémy automaticky získávat molekulární detaily, synonyma, identifikátory a související metadata o chemických sloučeninách přímo z PubChem. Tato schopnost zefektivňuje workflow ve vývoji, například v objevování léčiv, bioinformatice a chemické informatice, automatizuje získávání dat, snižuje ruční vyhledávání a umožňuje pokročilé interakce s daty v AI prostředích. Server je navržen pro snadnou integraci a lze jej využít v různých platformách a nástrojích podporujících MCP standard.

Seznam promptů

V repozitáři nejsou uvedeny žádné konkrétní šablony promptů.

Seznam zdrojů

V repozitáři nejsou explicitně uvedeny žádné zdroje.

Seznam nástrojů

V server.py nebo viditelné dokumentaci repozitáře nejsou detailně popsány žádné nástroje.

Příklady použití tohoto MCP serveru

• Automatizované získávání chemických dat: Okamžité načtení chemických vlastností, identifikátorů a strukturních dat pro libovolný lék nebo sloučeninu, což zefektivňuje výzkum a vývoj.
• Vyhledávání informací o lécích: Poskytněte uživatelům nebo výzkumníkům kompletní informace o známých lécích včetně synonym, molekulárního vzorce a odkazů na PubChem.
• Integrace do bioinformatických pipeline: Umožněte AI pipeline rozšířit datový kontext o ověřené chemické informace např. pro repurposing léků nebo analýzu interakcí.
• Podpora vzdělávacích nástrojů: Umožněte vzdělávacím platformám nabízet bohaté, aktuální chemické informace pro výuku a demonstrace.
• API-driven aplikace: Backendová podpora pro webové nebo mobilní aplikace, které potřebují aktuální chemická data bez manuálního obsluhování API.

Jak jej nastavit

Windsurf

1. Předpoklady: Ujistěte se, že máte nainstalovaný Python 3.10 a závislosti (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn).
2. Klonování a instalace:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Úprava konfigurace: Otevřete svou konfiguraci Windsurf a přidejte Pubchem MCP server:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Uložení a restart: Uložte změny a restartujte Windsurf.
5. Ověření: Otestujte dotazem na známý lék.

Claude

1. Předpoklady: Nainstalujte Python 3.10 a potřebné balíčky.
2. Klonování a instalace:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Konfigurace Claude: Přidejte do svého Claude Desktop servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Restartujte Claude.
5. Ověření: Ověřte dotazem na lék.

Cursor

1. Předpoklady: Musí být nainstalován Python 3.10 a závislosti.
2. Klonování a instalace:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Přidání MCP serveru: Aktualizujte konfigurační soubor Cursor:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Restartujte Cursor.
5. Test: Vyhledejte známou sloučeninu.

Cline

1. Předpoklady: Nainstalujte Python 3.10 a závislosti.
2. Klonování a instalace:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Úprava konfigurace: Přidejte následující do svého servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Restartujte Cline.
5. Ověření nastavení: Ověřte provedením ukázkového dotazu.

Zabezpečení API klíčů

Pro aktuální přístup k API PubChem nejsou klíče potřeba. Pokud by bylo potřeba, lze proměnné prostředí nastavit následovně:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "váš_api_klíč"
  },
  "inputs": {}
}

Jak použít tento MCP ve flow

Použití MCP ve FlowHunt

Pro integraci MCP serverů do vašeho FlowHunt workflow začněte přidáním MCP komponenty do flow a propojte ji se svým AI agentem:

Klikněte na MCP komponentu a otevřete konfigurační panel. Do sekce systémové konfigurace MCP vložte údaje o svém MCP serveru v tomto JSON formátu:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Po konfiguraci může AI agent využívat tento MCP jako nástroj se všemi jeho funkcemi a možnostmi. Nezapomeňte změnit “pubchem” na skutečný název vašeho MCP serveru a nahradit URL adresou vašeho MCP serveru.

Přehled

Na základě výše uvedeného je Pubchem MCP Server velmi úzce zaměřený na konkrétní oblast (chemická/léková data), snadno se instaluje a integruje s MCP klienty, ale chybí mu dokumentace k promptům, zdrojům nebo pokročilým funkcím jako sampling nebo roots.

Náš názor

Tento MCP server je přímočarý a funkční pro zamýšlené použití, ale postrádá širší MCP funkce a dokumentaci, která by jej učinila univerzálnějším pro pokročilé uživatele. Hodnocení: 3/10.

MCP skóre