Pubchem MCP Server

Čo robí “Pubchem” MCP Server?

Pubchem MCP (Model Context Protocol) Server slúži ako most medzi AI asistentmi a PubChem API a umožňuje bezproblémové získavanie základných chemických informácií o liekoch. Integráciou s týmto serverom môžu AI systémy automaticky získavať molekulové detaily, synonymá, identifikátory a súvisiace metadáta pre chemické zlúčeniny priamo z PubChem. Táto schopnosť zefektívňuje vývojové procesy v oblastiach ako je objavovanie liekov, bioinformatika a chemická informatika, automatizuje získavanie údajov, znižuje ručné vyhľadávanie a umožňuje pokročilé dátovo riadené interakcie v prostredí poháňanom AI. Server je navrhnutý na jednoduchú integráciu a je použiteľný v rôznych platformách a nástrojoch podporujúcich štandard MCP.

Zoznam promptov

V repozitári nie sú uvedené žiadne špecifické šablóny promptov.

Zoznam zdrojov

V repozitári nie sú explicitne uvedené žiadne zdroje.

Zoznam nástrojov

V server.py repozitára alebo viditeľnej dokumentácii nie sú explicitne popísané žiadne nástroje.

Prípady použitia tohto MCP servera

• Automatizované získavanie chemických údajov: Okamžité získanie chemických vlastností, identifikátorov a štruktúrnych dát pre akýkoľvek liek alebo zlúčeninu, zjednodušenie výskumných a vývojových procesov.
• Vyhľadávanie informácií o liekoch: Poskytnutie komplexných detailov o známych liekoch koncovým používateľom alebo výskumníkom, vrátane synoným, molekulového vzorca a odkazov na PubChem záznamy.
• Integrácia do bioinformatických pipeline: Umožnenie AI pipeline rozšíriť ich dátový kontext o autoritatívne chemické informácie pre úlohy ako napr. repurposing liekov alebo analýza interakcií.
• Podpora vzdelávacích nástrojov: Umožnenie vzdelávacím platformám ponúkať bohaté, aktuálne chemické informácie na vyučovanie a ukážky.
• API-poháňané aplikácie: Back-end podpora pre webové alebo mobilné aplikácie, ktoré vyžadujú aktuálne chemické údaje bez manuálneho spracovania API.

Ako to nastaviť

Windsurf

1. Predpoklady: Uistite sa, že máte nainštalovaný Python 3.10 a závislosti (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn).
2. Klonovanie a inštalácia:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Úprava konfigurácie: Otvorte konfiguráciu Windsurf a pridajte Pubchem MCP server:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Uloženie a reštart: Uložte zmeny a reštartujte Windsurf.
5. Overenie: Otestujte dotazom na známy liek.

Claude

1. Predpoklady: Nainštalujte Python 3.10 a požadované balíky.
2. Klonovanie a inštalácia:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Konfigurácia Claude: Pridajte do Claude Desktop servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Reštart Claude.
5. Overenie: Dotaz na liek pre potvrdenie nastavenia.

Cursor

1. Predpoklady: Python 3.10 a závislosti sú nainštalované.
2. Klonovanie a inštalácia:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Pridanie MCP servera: Aktualizujte konfiguračný súbor Cursor:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Reštart Cursor.
5. Test: Vyhľadanie známej zlúčeniny.

Cline

1. Predpoklady: Nainštalujte Python 3.10 a závislosti.
2. Klonovanie a inštalácia:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Úprava konfigurácie: Pridajte nasledovné do svojho servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Reštart Cline.
5. Overenie nastavenia: Skontrolujte spustením ukážkového dotazu.

Zabezpečenie API kľúčov

Pre aktuálne nastavenie nie sú pre PubChem API potrebné žiadne API kľúče. Ak by bolo potrebné, môžete nastaviť environmentálne premenné takto:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "your_api_key"
  },
  "inputs": {}
}

Ako používať MCP vo flowoch

Použitie MCP vo FlowHunt

Na integráciu MCP serverov do vášho FlowHunt workflowu začnite pridaním MCP komponentu do svojho toku a jeho prepojením s vaším AI agentom:

Kliknite na MCP komponent na otvorenie konfiguračného panelu. V systémovej MCP konfigurácii vložte údaje o vašom MCP serveri v tomto JSON formáte:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Po nakonfigurovaní môže AI agent využívať tento MCP ako nástroj so všetkými jeho funkciami a možnosťami. Nezabudnite zmeniť “pubchem” na skutočný názov vášho MCP servera a URL na vašu vlastnú MCP server URL.

Prehľad

Na základe vyššie uvedeného je Pubchem MCP Server veľmi zameraný na konkrétnu doménu (chemické/liekové informácie), ľahko sa inštaluje a integruje s MCP klientmi, ale chýba mu dokumentácia k promptom, zdrojom a pokročilým funkciám ako sampling či roots.

Náš názor

Tento MCP server je priamočiary a funkčný pre svoj zamýšľaný účel, ale chýbajú mu širšie MCP funkcie a dokumentácia, ktoré by ho robili univerzálnejším pre pokročilejších používateľov. Hodnotenie: 3/10.

MCP skóre