Pubchem MCP Sunucusu

“Pubchem” MCP Sunucusu ne yapar?

Pubchem MCP (Model Context Protocol) Sunucusu, YZ asistanları ile PubChem API arasında köprü görevi görerek ilaçlar hakkında temel kimyasal bilgilerin sorunsuz şekilde alınmasını sağlar. Bu sunucu ile entegre edilen YZ sistemleri, PubChem’den kimyasal bileşikler için otomatik olarak moleküler detaylar, eşanlamlılar, tanımlayıcılar ve ilgili meta verileri çekebilir. Bu yetenek; ilaç keşfi, biyoenformatik ve kimyasal enformatik gibi alanlarda geliştirme iş akışlarını otomatik veri elde ederek, manuel sorgu çabalarını azaltarak ve YZ destekli ortamlarda ileri düzey veri odaklı etkileşimleri mümkün kılarak geliştirir. Sunucu kolay entegrasyon için tasarlanmıştır ve MCP standardını destekleyen çeşitli platform ve araçlarda kullanılabilir.

İstem Listesi

Depoda belirli bir istem şablonu belirtilmemiştir.

Kaynak Listesi

Depoda açıkça belirtilmiş bir kaynak yok.

Araç Listesi

Depo içindeki server.py ya da görünen belgelerde ayrıntılı bir araç yok.

Bu MCP Sunucusunun Kullanım Alanları

• Otomatik Kimyasal Veri Elde Etme: Herhangi bir ilaç veya bileşik için kimyasal özellikleri, tanımlayıcıları ve yapısal verileri anında çekerek AR-GE süreçlerini hızlandırır.
• İlaç Bilgi Sorgulama: Son kullanıcıya veya araştırmacıya, bilinen ilaçlar hakkında eşanlamlılar, moleküler formül ve PubChem bağlantıları dahil kapsamlı bilgiler sunar.
• Biyoenformatik Boru Hatlarına Entegrasyon: YZ destekli boru hatlarının, ilaç yeniden kullanımı veya etkileşim analizi gibi görevler için otoritatif kimyasal bilgilerle veri bağlamını zenginleştirmesine olanak tanır.
• Eğitim Araçlarına Destek: Eğitim platformlarının ders ve sunumlar için zengin, gerçek zamanlı kimyasal bilgi sunmasına imkan verir.
• API Tabanlı Uygulamalar: Manuel API yönetimi olmadan güncel kimyasal verilere ihtiyaç duyan web veya mobil uygulamalar için arka uç desteği sağlar.

Kurulum Nasıl Yapılır

Windsurf

1. Ön Koşullar: Python 3.10 ve bağımlılıkların (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn) kurulu olduğundan emin olun.
2. Klonla ve Kur:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Yapılandırmayı Düzenle: Windsurf yapılandırmanızı açın ve Pubchem MCP sunucusunu ekleyin:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Kaydet ve Yeniden Başlat: Değişiklikleri kaydedip Windsurf’u yeniden başlatın.
5. Doğrula: Bilinen bir ilaç sorgulayarak testi yapın.

Claude

1. Ön Koşullar: Python 3.10 ve gerekli paketleri kurun.
2. Klonla ve Kur:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Claude’u Yapılandır: Claude Desktop servers_config.json dosyasına ekleyin:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Claude’u Yeniden Başlatın.
5. Doğrula: Bir ilaç sorgusu ile kurulumu doğrulayın.

Cursor

1. Ön Koşullar: Python 3.10 ve bağımlılıkların kurulu olması gerekir.
2. Klonla ve Kur:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. MCP Sunucusu Ekle: Cursor yapılandırma dosyanızı güncelleyin:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Cursor’ı Yeniden Başlatın.
5. Test Et: Bilinen bir bileşiği sorgulayın.

Cline

1. Ön Koşullar: Python 3.10 ve bağımlılıkları kurun.
2. Klonla ve Kur:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Yapılandırmayı Düzenle: servers_config.json dosyanıza aşağıdakini ekleyin:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Cline’ı Yeniden Başlatın.
5. Kurulumu Doğrula: Örnek bir sorgu çalıştırarak doğrulayın.

API Anahtarlarının Güvenliği

PubChem API erişimi için mevcut kurulumda API anahtarı gerekmez. Gerekirse, ortam değişkenleri şu şekilde ayarlanabilir:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "your_api_key"
  },
  "inputs": {}
}

Bu MCP’yi Akışlarda Kullanma

FlowHunt’ta MCP Kullanımı

MCP sunucularını FlowHunt iş akışınıza entegre etmek için, akışa MCP bileşenini ekleyip YZ ajanınıza bağlayarak başlayın:

MCP bileşenine tıklayarak yapılandırma panelini açın. Sistem MCP yapılandırma bölümüne, MCP sunucu bilgilerinizi aşağıdaki JSON formatında girin:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Yapılandırma tamamlandıktan sonra, YZ ajanınız artık tüm fonksiyon ve yetenekleriyle bu MCP’yi bir araç olarak kullanabilir. “pubchem” adını, gerçek MCP sunucu adınızla ve URL’yi kendi MCP sunucu adresinizle değiştirmeniz gerektiğini unutmayın.

Genel Bakış

Yukarıdakilere dayanarak, Pubchem MCP Sunucusu çok belirli bir alan (kimyasal/ilaç bilgisi) için odaklanmıştır, kurulumu kolaydır ve MCP istemcileriyle entegre olur; ancak istemler, kaynaklar veya örnekleme ya da kökler gibi gelişmiş özellikler konusunda dökümantasyon içermez.

Bizim görüşümüz

Bu MCP sunucusu, hedeflenen işlev için basit ve kullanışlıdır; ancak daha ileri düzey kullanıcılar için daha geniş MCP özellikleri ve dokümantasyon eksiktir. Değerlendirme: 3/10.

MCP Puanı