Pubchem MCP Server

Cosa fa il server “Pubchem” MCP?

Il Pubchem MCP (Model Context Protocol) Server agisce come ponte tra assistenti AI e l’API PubChem, consentendo l’estrazione fluida di informazioni chimiche di base sui farmaci. Integrando questo server, i sistemi AI possono recuperare automaticamente dettagli molecolari, sinonimi, identificatori e metadati correlati dei composti chimici direttamente da PubChem. Questa funzionalità migliora i workflow di sviluppo in ambiti come drug discovery, bioinformatica e informatica chimica, automatizzando il recupero dati, riducendo le ricerche manuali e abilitando interazioni avanzate data-driven in ambienti AI. Il server è progettato per essere facilmente integrabile e può essere utilizzato su varie piattaforme e strumenti che supportano lo standard MCP.

Elenco dei Prompt

Nessun template di prompt specifico è menzionato nel repository.

Elenco delle Risorse

Nessuna risorsa esplicita è elencata nel repository.

Elenco degli Strumenti

Nessun tool esplicito è riportato nel server.py del repository o nella documentazione visibile.

Casi d’Uso di questo MCP Server

• Recupero Automatico di Dati Chimici: Ottieni istantaneamente proprietà chimiche, identificatori e dati strutturali per qualsiasi farmaco o composto, semplificando processi di ricerca e sviluppo.
• Ricerca Informazioni su Farmaci: Fornisci a utenti finali o ricercatori dettagli completi su farmaci noti, inclusi sinonimi, formula molecolare e link alle schede PubChem.
• Integrazione in Pipeline di Bioinformatica: Consenti a pipeline guidate da AI di arricchire il proprio contesto dati con informazioni chimiche autorevoli per attività come drug repurposing o analisi delle interazioni.
• Supporto a Strumenti Didattici: Permetti a piattaforme didattiche di offrire informazioni chimiche ricche e in tempo reale per insegnamento e dimostrazioni.
• Applicazioni Guidate da API: Supporto back-end per app web o mobile che necessitano di dati chimici aggiornati senza gestire manualmente le API.

Come si configura

Windsurf

1. Prerequisiti: Assicurati che Python 3.10 e le dipendenze (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn) siano installate.
2. Clona e Installa:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Modifica la Configurazione: Apri la configurazione di Windsurf e aggiungi il server Pubchem MCP:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Salva e Riavvia: Salva le modifiche e riavvia Windsurf.
5. Verifica: Prova facendo una query su un farmaco noto.

Claude

1. Prerequisiti: Installa Python 3.10 e i pacchetti necessari.
2. Clona e Installa:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Configura Claude: Aggiungi a servers_config.json su Claude Desktop:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Riavvia Claude.
5. Verifica: Esegui una query su un farmaco per confermare.

Cursor

1. Prerequisiti: Python 3.10 e dipendenze installate.
2. Clona e Installa:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Aggiungi MCP Server: Aggiorna il file di configurazione di Cursor:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Riavvia Cursor.
5. Testa: Cerca un composto noto.

Cline

1. Prerequisiti: Installa Python 3.10 e le dipendenze.
2. Clona e Installa:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Modifica la Configurazione: Aggiungi quanto segue nel tuo servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Riavvia Cline.
5. Verifica Configurazione: Conferma eseguendo una query di esempio.

Sicurezza delle API Key

Non sono richieste API key per l’accesso all’API PubChem nell’attuale configurazione. Se necessario, è possibile impostare variabili d’ambiente come segue:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "your_api_key"
  },
  "inputs": {}
}

Come usare questo MCP nei flussi

Utilizzo di MCP in FlowHunt

Per integrare i server MCP all’interno dei tuoi workflow FlowHunt, inizia aggiungendo il componente MCP al flusso e collegandolo al tuo agente AI:

Clicca sul componente MCP per aprire il pannello di configurazione. Nella sezione di configurazione MCP di sistema, inserisci i dettagli del tuo server MCP in questo formato JSON:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Una volta configurato, l’agente AI potrà utilizzare questo MCP come strumento con accesso a tutte le sue funzioni e capacità. Ricorda di sostituire “pubchem” con il nome effettivo del tuo server MCP e l’URL con quello del tuo server MCP.

Panoramica

In base a quanto sopra, il server Pubchem MCP è molto focalizzato su un dominio specifico (info chimiche/farmaceutiche), è facile da installare e integrare con client MCP, ma manca documentazione su prompt, risorse o funzionalità avanzate come sampling o roots.

La nostra opinione

Questo server MCP è semplice e funzionale per lo scopo previsto, ma manca di funzionalità MCP più ampie e documentazione che lo renderebbero più versatile per utenti avanzati. Valutazione: 3/10.

MCP Score