Pubchem MCP-server

Hva gjør “Pubchem” MCP-serveren?

Pubchem MCP (Model Context Protocol) serveren fungerer som en bro mellom AI-assistenter og PubChem API, og muliggjør sømløs uthenting av grunnleggende kjemisk informasjon om legemidler. Ved å integrere denne serveren kan AI-systemer automatisk hente frem molekylære detaljer, synonymer, identifikatorer og tilhørende metadata for kjemiske forbindelser direkte fra PubChem. Denne muligheten forbedrer utviklingsprosesser innen legemiddeloppdagelse, bioinformatikk og kjemisk informatikk ved å automatisere datauthenting, redusere manuelle oppslag og muliggjøre avanserte datadrevne interaksjoner i AI-miljøer. Serveren er enkel å integrere og kan brukes i ulike plattformer og verktøy som støtter MCP-standarden.

Liste over Prompter

Ingen spesifikke prompt-maler er nevnt i repositoriet.

Liste over ressurser

Ingen eksplisitte ressurser er listet i repositoriet.

Liste over verktøy

Ingen eksplisitte verktøy er dokumentert i server.py eller synlig dokumentasjon.

Brukstilfeller for denne MCP-serveren

• Automatisert innhenting av kjemiske data: Hent kjemiske egenskaper, identifikatorer og strukturdata for ethvert legemiddel eller forbindelse umiddelbart, og effektiviser forsknings- og utviklingsprosesser.
• Oppslag av legemiddelinformasjon: Gi sluttbrukere eller forskere fullstendig informasjon om kjente legemidler, inkludert synonymer, molekylformel og lenker til PubChem-oppføringer.
• Integrasjon i bioinformatikkprosesser: La AI-drevne pipelines berike datagrunnlaget sitt med autoritativ kjemisk informasjon for oppgaver som legemiddel-repurposing eller interaksjonsanalyser.
• Støtte for undervisningsverktøy: Gjør det mulig for utdanningsplattformer å tilby rik, sanntids kjemisk informasjon for undervisning og demonstrasjoner.
• API-drevne applikasjoner: Back-end-støtte for nett- eller mobilapplikasjoner som krever oppdatert kjemisk informasjon uten manuell API-håndtering.

Slik setter du det opp

Windsurf

1. Forutsetninger: Sørg for at Python 3.10 og avhengigheter (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn) er installert.
2. Klon og installer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Rediger konfigurasjon: Åpne din Windsurf-konfigurasjon og legg til Pubchem MCP-serveren:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Lagre og start på nytt: Lagre endringene og start Windsurf på nytt.
5. Verifiser: Test ved å gjøre oppslag på et kjent legemiddel.

Claude

1. Forutsetninger: Installer Python 3.10 og nødvendige pakker.
2. Klon og installer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Konfigurer Claude: Legg til i din Claude Desktop servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Start Claude på nytt.
5. Verifiser: Gjør oppslag på et legemiddel for å bekrefte oppsettet.

Cursor

1. Forutsetninger: Python 3.10 og avhengigheter installert.
2. Klon og installer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Legg til MCP-server: Oppdater Cursors konfigurasjonsfil:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Start Cursor på nytt.
5. Test: Søk etter en kjent forbindelse.

Cline

1. Forutsetninger: Installer Python 3.10 og avhengigheter.
2. Klon og installer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Rediger konfigurasjon: Legg inn følgende i din servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Start Cline på nytt.
5. Verifiser oppsett: Bekreft ved å kjøre et eksempeloppslag.

Sikring av API-nøkler

Ingen API-nøkler kreves for PubChem API-tilgang i nåværende oppsett. Om nødvendig kan miljøvariabler settes slik:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "your_api_key"
  },
  "inputs": {}
}

Hvordan bruke denne MCP-en i flows

Bruke MCP i FlowHunt

For å integrere MCP-servere i din FlowHunt-arbeidsflyt, start med å legge til MCP-komponenten i flyten din og koble den til din AI-agent:

Klikk på MCP-komponenten for å åpne konfigurasjonspanelet. I systemets MCP-konfigurasjonsseksjon, legg inn MCP-serverdetaljene dine i dette JSON-formatet:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Når dette er konfigurert, kan AI-agenten bruke denne MCP-serveren som et verktøy med tilgang til alle dens funksjoner og muligheter. Husk å endre “pubchem” til det faktiske navnet på din MCP-server, og bytt ut URL-en med din egen MCP-server-URL.

Oversikt

Basert på ovenstående er Pubchem MCP-serveren svært fokusert på et spesifikt domene (kjemisk/legemiddelinformasjon), enkel å installere og kan integreres med MCP-klienter, men mangler dokumentasjon om prompts, ressurser og avanserte funksjoner som sampling eller roots.

Vår mening

Denne MCP-serveren er enkel og funksjonell for sitt tiltenkte formål, men mangler bredere MCP-funksjoner og dokumentasjon som kunne gjort den mer allsidig for avanserte brukere. Vurdering: 3/10.

MCP-score